Степень консервативности изображена в соответствии с 4 уровнями консервативности:
nab — число пар a и b в выравнивании
Вес замены лейцина на лейцин достаточно большой, но невелик по сравнению с весами
замен других остатков на себя. Это объясняется не только его достаточно
незамысловатым радикалом, но и наличием похожей на него аминокисоты изолейцина
(именно поэтому S(L,I) необычно высок). А сильно отрицательный вес замены
лейцина на пролин объясняется гетероциклом у пролина, делающем структуру этих
остатков сильно разными, так что эта замена способна значительно изменить
свойства белка.
Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку SODF_ECOLI
Изображение множественного выравнивания блока IPB001189C
*
2
0
*
4
0
*
O
0
2
6
1
6
|
9
8
:
E
I
N
A
S
F
G
S
F
A
K
F
K
E
E
F
T
N
V
A
V
G
H
F
G
C
G
L
A
W
P
V
K
D
T
N
S
G
K
L
K
V
Y
Q
T
H
D
A
G
C
P
:
5
1
O
1
5
6
4
0
|
9
8
:
A
I
V
D
S
F
G
T
F
A
S
F
K
K
E
F
T
D
A
P
N
G
H
F
G
S
G
W
A
W
L
V
K
D
K
S
S
G
K
L
K
V
L
Q
T
H
D
A
G
C
P
:
5
1
O
1
5
6
4
1
|
1
2
9
:
A
I
A
N
E
F
G
S
V
D
D
F
T
V
S
F
Q
Q
A
G
V
N
N
F
G
S
G
W
T
W
L
C
V
D
P
R
T
K
E
L
R
I
D
N
T
S
N
A
G
C
P
:
5
1
O
1
5
9
0
4
|
9
6
:
K
I
E
E
K
F
G
S
F
S
A
F
K
T
D
F
S
N
L
L
A
G
H
F
G
S
G
W
G
W
L
V
L
K
D
D
G
T
A
D
I
V
Q
T
H
D
A
G
S
P
L
:
5
1
O
3
4
0
2
9
|
6
9
:
A
I
N
A
K
W
G
S
F
D
A
F
K
E
A
F
T
K
A
A
V
G
T
F
G
S
G
W
A
W
L
V
K
K
A
D
G
S
L
D
I
V
S
T
S
N
A
A
T
P
L
:
5
1
O
4
2
9
1
9
|
1
4
3
:
A
V
N
E
N
F
G
S
K
E
N
L
L
S
K
I
H
E
L
A
S
N
S
F
G
A
C
W
L
W
I
V
I
D
D
Y
N
R
L
N
L
L
R
T
F
Q
A
G
S
P
Y
:
5
1
O
4
3
9
5
7
|
9
4
:
L
L
K
K
N
F
G
S
V
E
K
F
Q
E
T
F
T
A
K
A
S
T
V
F
G
S
G
W
A
Y
L
Y
K
T
K
D
G
K
L
E
I
G
Q
Y
S
N
A
A
N
P
V
:
5
1
O
5
0
2
5
7
|
9
7
:
A
L
K
A
S
F
G
S
V
E
A
C
M
E
Q
L
S
E
A
A
K
T
Q
F
A
S
G
W
A
W
L
A
K
G
T
E
N
G
K
P
V
L
K
V
M
K
T
G
N
A
D
:
5
1
O
6
5
3
2
4
|
1
2
8
:
A
I
D
T
S
F
G
S
L
E
G
L
V
K
K
M
S
A
E
G
A
A
V
Q
G
S
G
W
V
W
L
G
L
D
K
E
L
K
K
L
V
V
D
T
T
A
N
Q
D
P
L
:
5
1
O
6
5
3
2
7
|
1
0
9
:
L
L
E
R
D
F
T
S
Y
E
K
F
Y
D
E
F
N
A
A
A
A
T
Q
F
G
A
G
W
A
W
L
A
Y
A
D
N
K
L
K
V
V
K
T
P
N
A
V
N
P
L
V
:
5
1
O
7
4
2
0
0
|
1
2
4
:
A
I
K
K
E
W
K
S
V
D
E
F
I
R
I
F
N
M
Q
L
A
G
I
Q
G
S
G
W
A
W
L
V
K
S
P
F
S
Q
R
L
S
I
Q
I
T
M
N
Q
D
V
V
:
5
1
O
7
4
3
7
9
|
1
0
5
:
G
I
D
A
S
F
G
S
F
G
E
L
K
S
Q
M
V
D
V
G
N
S
V
F
G
D
G
W
L
W
L
V
Y
S
P
E
K
S
L
F
S
L
L
C
T
Y
N
A
S
N
A
:
5
1
O
7
7
0
7
1
|
9
9
:
E
I
K
K
E
F
T
S
V
E
N
F
K
D
E
F
S
K
V
A
A
G
H
F
G
S
G
W
A
W
L
V
W
D
K
Q
G
K
K
V
G
I
E
Q
T
H
D
A
G
T
P
:
5
1
O
8
1
2
3
3
|
9
5
:
A
I
D
T
H
F
G
S
L
E
S
L
I
Q
K
M
N
A
E
G
A
A
L
Q
G
S
G
W
V
W
L
G
V
N
K
E
L
K
K
L
V
I
E
T
T
P
N
Q
D
P
L
:
5
1
O
8
1
2
4
0
|
1
4
9
:
Q
I
D
K
D
F
G
S
F
T
N
F
R
E
K
F
T
N
A
A
L
T
Q
F
G
S
G
W
V
W
L
V
L
K
R
E
E
R
R
L
E
V
V
K
T
S
N
A
I
N
P
:
5
1
O
8
2
5
1
9
|
8
4
:
A
I
D
M
H
F
G
S
F
E
A
L
L
Q
K
M
N
A
E
G
A
A
L
Q
G
S
G
W
V
W
L
G
L
D
K
E
L
K
R
L
V
V
E
T
T
A
N
Q
D
P
L
:
5
1
O
8
2
5
7
1
|
1
2
1
:
W
A
I
D
E
D
F
G
S
I
E
K
L
I
K
K
M
N
A
E
G
A
L
Q
G
S
G
W
V
W
L
A
L
D
K
E
A
K
G
L
S
V
E
T
T
P
N
Q
D
P
L
:
5
1
O
8
2
5
8
3
|
1
4
4
:
L
I
E
R
D
F
G
S
F
E
G
M
M
A
Q
F
K
N
A
A
L
T
Q
F
G
S
G
W
A
W
L
V
Y
K
A
N
R
L
D
V
G
N
A
V
N
P
C
P
T
E
K
:
5
1
O
8
2
5
8
4
|
1
3
7
:
A
I
D
T
D
L
G
S
F
E
A
L
I
Q
K
I
S
A
E
G
A
A
L
Q
G
S
G
W
V
W
L
A
L
D
K
E
L
K
K
V
T
V
E
T
T
A
N
Q
D
P
L
:
5
1
O
8
4
9
2
4
|
1
0
4
:
A
I
E
E
T
F
G
S
F
E
D
F
K
E
E
F
K
T
A
A
T
G
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
K
D
G
K
L
A
I
T
S
T
A
N
Q
D
S
P
L
M
:
5
1
O
8
6
1
6
8
|
1
0
4
:
E
I
N
S
V
F
G
S
F
D
K
F
K
E
Q
F
A
A
A
A
A
G
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
N
N
G
K
L
E
I
T
S
T
P
N
Q
D
S
P
L
S
:
5
1
P
7
9
0
2
2
|
1
2
8
:
R
I
V
E
Q
Y
G
S
L
D
N
L
K
A
I
T
N
G
K
L
A
G
I
Q
G
S
G
W
A
F
I
V
K
N
K
E
N
G
G
A
L
D
V
I
T
T
A
N
Q
D
T
:
5
1
P
9
3
6
0
6
|
1
2
8
:
A
I
D
E
D
F
G
S
I
E
K
L
I
K
K
M
N
A
E
G
A
A
L
Q
G
S
G
W
V
W
L
A
L
D
K
E
A
K
K
L
S
V
E
T
T
P
N
Q
D
P
L
:
5
1
P
9
6
2
0
1
|
1
2
9
:
A
I
D
R
D
F
G
S
F
E
E
F
K
E
K
F
K
Q
C
G
I
S
T
F
G
S
G
W
A
W
L
V
S
D
K
D
G
K
L
E
I
M
S
T
K
D
Q
S
S
P
I
:
5
1
Q
2
7
7
4
0
|
9
6
:
K
I
Q
E
D
F
G
S
F
N
N
F
K
E
Q
F
S
N
I
L
C
G
H
F
G
S
G
W
G
W
L
A
L
N
N
N
N
K
L
V
I
L
Q
T
H
D
A
G
N
P
I
:
5
1
Q
2
7
7
9
1
|
9
8
:
E
I
N
A
S
F
G
S
F
A
K
F
K
E
E
F
T
N
V
A
V
G
H
F
G
S
G
L
A
W
L
V
K
D
T
N
S
G
K
L
K
V
Y
Q
T
H
D
A
G
C
P
:
5
1
Q
4
2
6
7
2
|
1
2
4
:
E
I
D
N
H
F
G
S
L
D
A
L
I
Q
K
M
S
A
E
G
A
A
V
Q
G
S
G
W
V
W
L
G
L
D
K
E
L
K
H
L
V
V
E
T
T
P
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
4
2
6
8
3
|
1
3
3
:
A
I
T
R
D
F
G
S
L
D
K
F
K
E
E
F
K
Q
A
G
M
T
Q
F
G
S
G
W
A
W
L
N
A
D
K
T
G
K
L
S
I
S
K
S
P
N
A
V
N
P
V
:
5
1
Q
4
3
1
2
1
|
1
2
8
:
A
I
D
E
D
F
G
S
F
E
A
L
V
K
K
M
S
A
E
G
A
A
L
Q
G
S
G
W
V
W
L
A
L
D
K
E
A
K
K
L
S
V
E
T
T
A
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
4
3
2
7
3
|
1
3
2
:
A
I
D
E
D
F
G
S
F
E
A
L
V
K
K
M
N
A
E
G
A
A
F
Q
G
S
G
W
V
W
L
A
L
D
K
E
A
K
K
V
S
V
E
T
T
A
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
4
3
8
0
3
|
1
2
8
:
A
I
D
E
D
F
G
S
F
E
A
L
V
K
K
M
S
A
E
G
A
A
L
Q
G
S
G
W
V
W
L
A
L
D
K
E
A
K
K
L
S
V
E
T
T
A
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
5
9
1
3
3
|
1
0
2
:
A
I
V
R
D
F
G
S
V
E
A
F
Q
A
E
F
E
K
A
A
A
T
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
E
G
G
K
L
A
V
V
S
T
A
N
Q
D
N
P
I
M
:
5
1
Q
5
9
1
6
5
|
7
2
:
A
I
K
D
S
F
G
S
F
E
K
F
Q
A
Q
F
T
A
T
A
L
G
I
Q
G
S
G
W
A
V
L
A
Y
D
S
I
S
G
K
L
L
I
F
Q
L
F
D
Q
Q
A
N
:
5
1
Q
5
9
2
2
5
|
1
0
3
:
A
I
D
R
D
L
G
G
M
E
K
F
Q
T
D
F
N
A
A
G
G
R
V
F
G
S
G
W
V
F
V
T
V
T
K
D
G
K
L
A
I
E
T
R
P
N
Q
D
N
P
I
:
5
1
Q
5
9
3
0
7
|
7
2
:
A
I
D
R
D
F
G
S
F
E
K
F
K
A
H
F
S
A
A
A
L
G
L
Q
G
S
G
W
A
V
L
G
Y
D
H
I
A
G
R
L
L
V
E
Q
L
T
D
Q
Q
G
N
:
5
1
Q
5
9
4
9
6
|
7
2
:
A
I
D
D
A
F
G
S
F
D
K
F
R
A
Q
F
S
A
A
A
N
G
L
Q
G
S
G
W
A
V
L
G
Y
D
T
L
G
S
R
L
L
T
F
Q
L
Y
D
Q
R
A
N
:
5
1
Q
5
9
5
1
8
|
7
2
:
A
I
D
D
Q
F
G
S
F
D
K
F
Q
A
Q
F
T
A
A
A
N
G
L
Q
G
S
G
W
A
V
L
G
Y
D
S
L
G
D
R
L
L
T
F
Q
L
Y
D
Q
Q
A
N
:
5
1
Q
5
9
5
2
2
|
7
2
:
A
I
D
D
Q
F
G
S
F
D
K
F
Q
A
Q
F
S
A
A
A
N
G
L
Q
G
S
G
W
A
V
L
G
Y
D
T
L
G
G
R
L
L
T
F
Q
L
Y
D
Q
Q
A
N
:
5
1
Q
5
9
5
6
2
|
7
2
:
A
I
D
D
A
F
G
S
F
D
K
F
R
A
Q
F
S
A
A
A
N
G
L
Q
G
S
G
W
A
V
L
G
Y
D
T
R
G
D
R
L
L
T
F
Q
L
Y
D
Q
Q
A
N
:
5
1
Q
5
9
5
8
8
|
7
2
:
A
I
D
D
A
F
G
S
F
D
K
F
R
A
Q
F
T
A
A
A
T
T
V
Q
G
S
G
W
A
A
L
G
W
D
S
L
G
G
K
L
L
V
F
Q
V
Y
D
H
Q
S
N
:
5
1
Q
5
9
6
7
3
|
1
0
0
:
A
I
D
E
F
F
G
S
F
D
N
M
K
A
Q
F
T
A
A
A
T
G
I
Q
G
S
G
W
A
S
L
V
W
D
P
L
G
K
R
I
N
T
L
Q
F
Y
D
H
Q
N
N
:
5
1
Q
5
W
D
5
2
|
1
0
6
:
A
I
D
Q
A
F
G
S
F
E
G
F
K
E
T
F
T
K
A
A
T
T
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
N
E
S
K
E
L
E
V
Y
S
T
A
N
Q
D
N
P
I
:
5
1
Q
5
W
H
0
1
|
1
8
1
:
R
I
T
E
D
F
G
S
F
Q
K
M
K
A
H
F
S
N
A
A
E
K
V
E
G
G
G
W
A
M
L
I
Y
A
P
R
S
H
R
L
E
I
L
Q
A
E
K
H
Q
N
L
:
5
1
Q
5
W
H
A
5
|
1
0
4
:
D
I
K
S
T
F
G
S
V
E
E
F
K
N
K
F
A
D
A
A
K
G
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
N
N
G
N
L
E
I
T
S
T
P
N
Q
D
T
P
L
S
:
5
1
Q
5
W
S
I
1
|
9
6
:
A
I
N
K
N
F
G
S
F
A
A
F
K
E
Q
F
S
Q
T
A
A
T
T
F
G
S
G
W
A
W
L
V
Q
D
Q
S
G
A
L
K
I
I
S
T
S
N
A
G
T
P
M
:
5
1
Q
5
X
0
Q
7
|
9
6
:
A
I
N
K
S
F
G
S
F
A
A
F
K
E
Q
F
S
Q
T
A
A
T
T
F
G
S
G
W
A
W
L
V
Q
D
Q
S
G
A
L
K
I
I
S
T
S
N
A
G
T
P
M
:
5
1
Q
5
X
B
F
8
|
1
0
2
:
A
I
D
D
A
F
G
S
F
D
A
F
K
E
Q
F
T
A
A
A
T
G
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
N
K
E
G
Q
L
E
I
T
S
T
A
N
Q
D
T
P
I
:
5
1
Q
5
X
L
6
4
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
6
6
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
6
8
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
6
9
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
7
0
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
7
4
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
7
5
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
G
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
7
6
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
7
7
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
A
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
L
7
9
|
9
4
:
A
L
E
K
D
F
G
S
L
E
K
F
K
E
D
F
I
K
S
A
T
T
L
F
G
S
G
W
N
W
A
T
Y
N
L
D
T
Q
K
I
E
I
I
Q
T
S
N
A
Q
T
P
:
5
1
Q
5
X
N
P
4
|
1
1
8
:
L
L
E
R
D
F
H
G
L
E
N
F
K
K
E
M
K
A
A
A
V
A
V
Q
G
S
G
W
A
W
L
G
Y
N
Q
K
T
K
A
L
Q
V
A
A
C
P
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
5
Y
B
Y
1
|
1
3
4
:
A
I
D
E
S
F
G
S
L
G
E
F
Q
S
K
M
N
A
A
L
A
G
I
Q
G
S
G
W
A
W
L
V
K
D
K
Q
T
G
N
I
G
I
K
T
Y
A
N
Q
D
P
V
:
5
1
Q
5
Z
3
M
8
|
9
8
:
A
I
D
D
Q
F
G
S
F
D
K
F
R
A
Q
F
T
A
A
A
N
G
L
Q
G
S
G
W
A
V
L
G
Y
D
T
L
G
Q
K
L
L
T
F
Q
L
Y
D
Q
Q
A
N
:
5
1
Q
5
Z
R
B
5
|
1
0
0
:
A
I
N
K
S
F
G
S
F
A
A
F
K
E
Q
F
S
Q
T
A
A
T
T
F
G
S
G
W
A
W
L
V
Q
D
Q
S
G
A
L
K
I
I
N
T
S
N
A
G
T
P
M
:
5
1
Q
6
0
4
S
8
|
9
7
:
A
I
V
K
S
F
G
S
F
E
K
F
K
E
A
F
T
Q
C
A
V
T
T
F
G
S
G
W
A
W
L
V
K
N
A
D
G
S
L
A
L
V
S
T
S
N
A
G
C
P
L
:
5
1
Q
6
0
6
F
0
|
1
1
4
:
K
I
E
A
S
F
G
S
V
A
A
C
K
K
E
F
A
S
A
A
V
S
Q
F
G
S
G
W
A
W
L
V
L
D
G
D
K
L
E
I
I
R
T
A
N
A
D
I
P
L
T
:
5
1
Q
6
1
C
X
1
|
1
1
9
:
M
I
K
R
D
F
G
D
L
S
T
L
Q
K
M
L
S
A
S
T
I
A
V
Q
G
S
G
W
G
W
L
G
Y
C
P
K
G
K
K
L
K
L
A
T
C
A
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
6
1
I
Y
8
|
5
1
4
:
E
I
E
K
K
Q
E
A
L
A
T
E
K
N
D
I
N
A
A
A
T
L
L
K
K
R
K
P
A
E
L
E
R
K
V
D
R
K
R
P
Q
A
V
S
I
Q
I
Q
N
D
S
:
5
1
Q
6
2
H
I
6
|
1
2
5
:
A
I
N
A
K
W
G
S
F
D
A
F
K
E
A
F
T
K
A
A
V
G
T
F
G
S
G
W
A
W
L
V
K
K
A
D
G
S
L
D
I
V
S
T
S
N
A
A
T
P
L
:
5
1
Q
6
3
0
F
7
|
1
0
5
:
V
I
D
Y
Y
F
N
T
F
D
N
L
K
D
Q
L
S
K
A
A
I
S
R
F
G
S
G
Y
G
W
L
V
L
D
G
E
E
L
S
V
M
S
T
P
N
Q
D
T
P
L
Q
:
5
1
Q
6
3
4
R
2
|
1
0
5
:
A
I
E
A
K
F
G
S
F
D
A
F
K
E
E
F
A
K
A
G
A
T
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
N
N
G
E
L
E
V
T
S
T
P
N
Q
D
S
P
L
T
:
5
1
Q
6
3
D
R
3
|
1
9
7
:
R
I
E
Q
D
F
G
S
F
L
R
F
Q
K
H
F
T
E
A
A
S
K
V
E
G
S
G
W
A
I
L
V
W
V
P
R
S
G
R
L
E
I
L
Q
S
T
L
H
Q
L
F
:
5
1
Q
6
3
W
L
1
|
9
6
:
A
I
N
A
K
W
G
S
F
D
A
F
K
E
A
F
T
K
A
A
V
G
T
F
G
S
G
W
A
W
L
V
K
K
A
D
G
S
L
D
I
V
S
T
S
N
A
A
T
P
L
:
5
1
Q
6
4
F
K
6
|
1
1
7
:
A
I
K
R
D
F
G
S
F
D
K
F
K
E
K
L
T
A
V
S
V
G
V
Q
G
S
G
W
G
W
L
G
F
N
K
E
R
G
C
L
Q
I
A
A
C
S
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
6
5
H
B
3
|
1
0
4
:
A
I
N
S
K
F
G
S
F
D
Q
F
K
E
D
F
A
A
A
A
A
G
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
N
N
G
E
L
E
I
T
S
T
P
N
Q
D
S
P
L
S
:
5
1
Q
6
5
I
H
9
|
1
7
4
:
M
I
N
R
S
F
G
S
Y
S
A
F
K
E
H
F
S
E
A
A
K
K
V
E
G
V
G
W
A
I
L
V
W
A
P
R
S
H
R
L
E
I
L
I
A
E
K
H
Q
L
M
:
5
1
Q
6
5
V
L
4
|
1
0
9
:
A
I
I
R
D
F
G
S
V
E
A
F
Q
A
E
F
E
K
A
A
A
T
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
Q
E
G
G
K
L
A
V
V
S
T
A
N
Q
D
S
P
I
:
5
1
Q
6
5
Y
0
2
|
1
1
4
:
A
V
E
K
D
F
G
S
W
D
N
I
K
N
Q
L
S
T
A
S
V
A
V
Q
G
S
G
W
G
W
L
G
Y
N
K
Q
M
K
K
L
Q
I
A
T
C
Q
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
6
6
2
L
2
|
1
0
3
:
D
V
N
T
A
F
G
S
P
D
V
L
K
A
S
L
K
D
T
A
M
K
I
F
G
S
G
W
A
W
L
V
L
C
P
D
S
G
L
K
V
I
S
M
P
N
Q
D
S
P
L
:
5
1
Q
6
6
3
U
9
|
1
0
2
:
A
I
E
R
D
F
G
S
V
D
S
F
K
E
K
F
E
Q
A
A
A
T
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
L
K
D
D
G
K
L
A
V
V
S
T
A
N
Q
D
S
P
L
:
5
1
Q
6
6
A
3
3
|
9
6
:
A
I
N
K
S
F
G
S
F
A
E
F
K
A
Q
F
T
D
A
A
V
K
N
F
G
A
G
W
T
W
L
V
K
K
A
D
G
T
L
A
I
V
S
T
S
N
A
G
T
P
L
:
5
1
Q
6
6
S
0
6
|
1
7
0
:
Q
I
N
N
D
F
G
S
F
D
A
F
K
K
E
M
C
A
K
S
A
A
V
K
G
S
G
W
G
W
L
G
W
N
K
E
A
S
K
L
Q
V
A
T
C
Q
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
6
7
Q
L
1
|
1
0
4
:
A
I
N
A
A
F
G
S
F
Q
N
F
K
D
E
F
A
K
A
G
A
G
R
F
G
S
G
W
A
W
L
V
V
T
K
D
G
K
L
A
V
Y
S
T
A
N
Q
D
S
P
L
:
5
1
Q
6
7
T
0
3
|
2
0
5
:
Q
I
R
Q
D
F
G
D
F
R
R
F
R
E
Q
F
S
K
A
A
E
N
V
E
G
G
G
W
A
V
W
V
W
A
P
R
A
N
R
T
E
I
L
T
A
E
K
H
Q
N
L
:
5
1
Q
6
8
U
U
1
|
1
2
0
:
L
I
K
R
D
F
G
S
L
D
A
M
K
D
N
L
F
A
S
T
V
A
V
Q
G
S
G
W
G
W
L
A
Y
C
K
N
E
K
K
L
K
V
A
T
C
P
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
6
8
W
K
0
|
1
1
2
:
Q
I
S
Q
D
F
G
S
F
E
Q
F
C
E
Q
F
K
Q
E
A
L
G
Q
F
G
S
G
W
V
W
V
V
Y
N
N
N
K
L
Q
I
I
K
T
S
N
A
D
T
P
I
V
:
5
1
Q
6
9
4
A
3
|
1
1
3
:
A
I
E
E
Q
F
S
S
F
E
Q
F
K
K
D
L
S
A
L
S
I
G
V
Q
G
S
G
W
G
W
L
G
Y
N
K
K
X
K
K
L
Q
I
L
A
V
S
N
Q
E
P
L
:
5
1
Q
6
A
6
R
9
|
9
9
:
A
I
D
E
F
F
G
S
F
D
S
F
K
K
Q
F
E
E
T
A
K
G
V
Q
G
S
G
W
G
M
L
V
W
D
V
M
G
Q
R
L
N
T
M
Q
L
F
D
H
Q
G
N
:
5
1
Q
6
A
F
4
6
|
9
8
:
A
I
D
E
F
F
G
S
F
D
K
F
R
A
H
F
T
A
S
A
L
G
I
Q
G
S
G
W
S
I
L
A
W
D
S
L
S
Q
K
L
I
I
E
Q
L
Y
D
H
Q
A
N
:
5
1
Q
6
A
R
I
0
|
1
0
1
:
K
I
D
A
D
F
G
S
Y
D
N
F
V
E
Q
L
K
N
A
G
L
T
Q
F
G
S
G
W
A
W
L
V
L
N
N
N
K
L
E
I
M
K
T
A
N
A
D
T
P
I
A
:
5
1
Q
6
B
7
S
8
|
1
1
9
:
A
I
K
R
D
F
G
S
Y
E
N
F
K
A
R
M
T
V
K
T
V
A
I
Q
G
S
G
W
G
W
L
G
L
C
P
V
S
K
R
L
Q
I
V
T
C
A
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
6
B
7
S
9
|
1
2
0
:
A
I
N
R
D
F
G
S
F
E
E
F
K
T
Q
L
S
T
A
T
I
A
I
Q
G
S
G
W
G
W
L
S
Y
N
P
V
T
K
R
L
Q
I
V
T
C
Q
N
Q
D
P
L
:
5
1
Q
6
B
G
Q
8
|
1
2
7
:
L
A
D
Q
D
F
A
N
I
E
S
F
R
D
H
F
L
L
V
A
D
S
S
F
G
Q
G
W
V
F
L
V
E
L
P
D
K
S
V
K
I
L
K
C
G
N
D
G
T
P
Y
:
5
1
Q
6
B
J
6
6
|
1
2
9
:
R
I
A
A
Q
Y
G
S
I
E
N
L
Q
S
I
A
N
A
K
L
A
G
I
Q
G
S
G
W
A
F
L
V
K
N
K
E
N
G
G
S
L
D
V
V
T
T
Y
N
Q
D
T
:
5
1
Q
6
B
R
E
3
|
1
5
9
:
W
I
I
N
S
F
G
S
I
A
E
F
R
T
L
L
L
N
S
A
K
G
I
K
G
D
G
L
V
W
L
V
A
Q
A
T
Y
S
E
S
T
M
R
N
N
Q
F
S
S
N
A
:
5
1
Q
6
C
B
Q
1
|
1
0
3
:
E
I
A
K
Q
F
G
S
L
D
E
F
K
A
K
L
K
A
D
L
L
A
L
Q
G
S
G
W
A
W
L
V
S
Y
P
D
G
T
L
K
I
E
V
T
S
N
Q
D
A
I
S
:
5
1
Q
6
C
D
Z
0
|
1
6
2
:
L
I
L
T
S
F
G
T
V
E
A
F
R
E
H
L
L
T
K
A
E
S
I
F
G
N
G
Y
T
W
L
V
L
S
K
H
S
G
R
L
H
L
V
N
T
Y
N
N
G
F
I
:
5
1
Q
6
C
E
C
5
|
1
2
6
:
R
L
E
D
K
F
E
S
M
E
R
A
R
E
N
F
L
A
T
A
D
E
M
T
G
N
G
W
V
F
L
Y
E
G
G
D
K
N
M
Y
I
S
A
H
H
N
A
G
S
P
F
:
5
1
Веса аминокислотных замен
Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания
блока IPB001189C из базы данных BLOCKS
В таблице использованы следующие обозначения:
Пара аминокислот
nab
pab
qa
qb
sab
L,L
24364
0,02820
0,08376
0,08376
4
L,I
7740
0,01207
0,08376
0,04556
1
L,P
4689
0,00475
0,08376
0,02338
1
pab — частота встречаемости пары a и b
qa — частота встречаемости аминокислоты a в парах
qb — частота встречаемости аминокислоты b в парах
sab — вес аминокислотной замены
Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS
Условные обозначения в таблице — те же, что и в предыдущей.
Пара аминокислот
nab
pab
qa
qb
sab
L,L
1326940
0,02383
0,09045
0,09045
3
L,I
682604
0,01663
0,09045
0,05435
2
L,P
833490
0,00364
0,09045
0,04735
-2 Сравнение весов аминокислотных замен
Пара аминокислот
Блок IPB001189C
200 блоков
BLOSUM62
L,L
4
3
4
L,I
1
2
2
L,P
1
-2
-3
Рассчитанные веса замен по 200 блокам выравниваний гораздо
ближе к данным blosum62, чем рассчитанные по одному блоку. Это объясняется
гораздо большим количеством пар аминокислотных остатков, учитываемых в рассчете
вероятностей, поэтому статистика по 200 блокам близка к статистике blosum62.
А удивительная схожесть результатов S(L,L) во втором задании с данными blosum62
— это просто совпадение...